最关键的一点作用则突出体现在国防领域，目前，很多武器装备都需要接受卫星导航，因此北斗卫星导航系统的成熟，可以让中国的战斗机、核潜艇和航空母舰告别GPS，全面普及这套中国自己的导航定位系统，这样就不会受制于人，而像巡航导弹、弹道导弹这一类的武器，大多数也都需要通过卫星定位进行制导，因此，精准度高、工作稳定的北斗导航系统，对于维护中国的国防安全也能起到非常关键且难以替代的作用。
之所以如此重视安全性及可靠性，目的就是为了让北斗导航卫星在复杂的环境下也能安全执行任务，如今，美国和日本相继成立了太空军与宇宙作战队，并且开始就卫星干扰器、激光反卫星武器等新一代的太空武器进行研究，对各国和平开发、共同利用太空的愿景造成了严重影响，为此，其他国家的卫星如果想要在一系列新型军事威胁当中维持屹立不倒，也必须像北斗一样，在设计之初就对这些情况做好万全的准备。
近期，中国的北斗导航卫星已经完成全面组网工作，这套导航卫星系统对于中国来说作用是不可替代的，然而有观点认为：只要成功干扰北斗卫星系统，那么中国的导弹是否将无力反抗？如今美国正在不遗余力的破解北斗源代码，用心无疑值得警惕，难道北斗系统不安全了？原来我们都被误导了，事实上，北斗导航系统基本不可能被破解源代码。
目前，中国已经发射北斗3号工程当中的最后一颗组网卫星，它的顺利入轨标志着北斗真正实现了导航服务全球覆盖，对于美国的GPS导航卫星系统来说，星数更多、技术上具备后发优势的北斗无疑是一个强大的竞争对手，可以有力地争夺国际上的导航卫星市场份额，再加上俄罗斯的格洛纳斯也和北斗开展了较为密切的合作，长期独领风骚的行业老牌霸主GPS现在压力不可谓不大。
此外，北斗导航卫星系统还有一个重要的作用就是推动经济的发展和社会基础建设，这套完全由本国搭建，且技术层面上不受制于人的完善导航体系能使得中国的各行各业受益，例如交通运输业、航运产业、远洋渔业、航空业，想必都会十分欢迎北斗系统的商业化，由此一来，中国的经济发展也将会受到有利的影响。
也正是因为北斗导航卫星系统非常重要，因此它在设计之初就被要求具备非常强的抗干扰能力，也是因为这一基础设计上的优势，不但使得北斗系统的信号相对于美国GPS导航卫星系统而言要更强，而且整套系统都采用了非常复杂的源代码，再加上备份星的存在，即便其他国家想通过干扰天地遥测数据链、或者通过黑入控制系统来破坏卫星网，基本上也是不可能做到的。
